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细菌毒素（Bacterial toxins)，又称微生物毒素（Microbial Toxins），如白喉毒素、霍乱毒素、肉毒毒素、破伤风毒素、葡萄球菌毒素等。细菌毒素可以区分为两种：放到菌体外的称为菌体外毒素（Exotoxin）；含在体内的，在菌体破坏后而放出的，称为菌体内毒素（Endotoxin）。但是在菌体外毒素中，也有通过菌体的破坏而放出体外的，所以这种区分法并不是很严密的。菌体外毒素大多是蛋白质，其中有的起着酶的作用。白喉杆菌、破伤风杆菌、肉毒杆菌等的毒素均为菌体外毒素。